Комплекс факторов.

-Гуминовые вещества: Проходя через торфяники и болота, вода вымывает гуминовые кислоты и другие органические соединения, которые и окрашивают ее в коричневый цвет.

-Цветение водорослей: Интенсивное размножение фитопланктона (водорослей) также может придавать воде желто-коричневые оттенки, особенно в теплый период.

-Соединения железа: В некоторых случаях бурый цвет может быть связан с повышенным содержанием железа, особенно если вода идет из подземных источников, но в случае залива это скорее второстепенный фактор по сравнению с органикой.

-Сезонность: Весной, во время таяния снега, происходит активное перемешивание воды и взмучивание донных отложений, что усиливает эффект окрашивания.

А учитывая еще, что по теплу вода почернела в заливе от водорослей. Возможны остаточные явления.